人體腸道不同部位的菌群含量整體呈現從近端到遠端逐級升高的趨勢，上消化道（胃、十二指腸）含量最少，越靠近下段腸道含量越高，大腸的菌群總量占全腸道的99%以上，是含量更高的腸道區段。

　　1. 胃與十二指腸：這個區段的pH值很低，胃酸有很強的殺菌作用，加上胃排空、腸道蠕動速度快，大部分菌群還沒定植就被排出，所以菌群含量極低，每克腸內容物中細菌數量僅為10^1~10^3個，僅少量耐酸的乳桿菌、鏈球菌能存活在這里。

　　2. 空腸與回腸（小腸中下段）：經過上段腸道的緩沖，胃酸被中和，pH值逐漸回升到適合菌群生長的范圍，蠕動速度也有所減慢，菌群含量開始明顯升高，每克腸內容物的細菌數量在10^4~10^8個區間，常見菌群以腸球菌、埃希菌、梭菌為主。

　　3. 結腸與直腸（大腸段）：這里是全腸道菌群含量更高的區域，腸道蠕動速度很慢，大量未消化吸收的食物殘渣滯留在此，能給菌群提供充足的營養，非常適合厭氧菌繁殖，每克腸內容物的細菌數量可以達到10^10~10^12個，總量占整個腸道菌群的99%以上，主要由厚壁菌門、擬桿菌門的各類細菌組成，我們常說的雙歧桿菌、擬桿菌、Akk菌等核心功能菌群大多都定植在這里。