明確能改變腸道菌群的有效干預措施，主要分為基礎飲食調整、微生態補充干預、臨床醫療干預三類，不同方式適用場景不同。

　　1. 飲食調整。這是對腸道菌群影響最持久、最基礎的干預方式，腸道菌群的生存完全依賴我們吃進去的食物，長期的飲食結構直接決定了菌群的整體組成。比如日常保證足夠的膳食纖維攝入，多吃全谷物、新鮮果蔬、菌藻、堅果，就能給雙歧桿菌、產丁酸菌這類有益菌提供養料，促進它們增殖；減少高糖、高脂、過度加工食品的攝入，就能抑制有害促炎菌的繁殖，慢慢調整菌群整體結構，我們常說的地中海飲食能改善代謝，很大一部分就是通過調整腸道菌群實現的。

　　2. 微生態補充干預。這種屬于更直接的定向調整方式，常見的分為幾類：外源性補充益生菌，既可以通過吃無糖發酵食品（比如無糖原味酸奶、開菲爾、納豆）補充，也可以吃針對性的藥用益生菌制劑，直接給腸道補充外援有益菌；補充益生元，相當于給腸道本身的有益菌提供“口糧”，常見的比如低聚果糖、菊粉、抗性淀粉，適合本身有益菌數量不算特別少，只是缺乏生長養料的情況；還有后生元，是滅活的益生菌或其代謝產物，刺激性更小，腸胃敏感不耐受活菌的人群也可以用。

　　3. 臨床醫療干預。這類主要針對嚴重腸道菌群失調的人群，比如難治性難辨梭菌感染、重度炎癥性腸病、小腸細菌過度生長等問題。目前應用比較成熟的是糞便微生物移植（FMT），就是將健康供體經過嚴格篩選的正常腸道菌群移植到患者腸道內，快速幫助患者重建健康的菌群結構；還有針對性的抗生素干預，只在明確有害菌過度增殖的情況下使用，可以快速抑制有害菌，但絕對不能濫用，否則會一并殺死有益菌，反而加重菌群紊亂；另外現在也有不少靶向調控腸道菌群的新型藥物在逐步應用，也屬于這類醫療干預的范疇。