目前常用于輔助修復腸道黏膜的益生菌主要包括雙歧桿菌、乳桿菌、枯草桿菌這幾類常見菌株。

　　1. 雙歧桿菌

　　它是人體腸道原生的有益菌，能夠直接定植在腸道黏膜表面，形成一層天然的生物防護屏障，阻擋有害菌黏附、侵蝕腸黏膜，同時它代謝產生的短鏈脂肪酸，還能給腸黏膜上皮細胞提供能量，促進受損的黏膜組織新生修復，是目前修復腸黏膜最常用的核心益生菌菌株，不少臨床常用的益生菌制劑都以它為主要成分，適合絕大多數存在腸黏膜輕度損傷的人群調理。

　　2. 乳桿菌

　　常見的用于修復腸黏膜的乳桿菌主要是嗜酸乳桿菌、鼠李糖乳桿菌這類，它一方面可以抑制有害菌產生炎癥因子，減輕炎癥對腸黏膜的持續損傷，另一方面還能刺激腸黏膜細胞分泌黏蛋白，加厚加固黏膜本身的保護層，很多腹瀉、菌群紊亂后腸黏膜修復的產品都會添加這類菌株，日常喝的活性益生菌酸奶中也多含有這類菌株，適合日常輕中度的腸黏膜調理補充。

　　3. 枯草桿菌

　　它屬于兼性厭氧菌，進入腸道后會先消耗受損區域多余的氧氣，給雙歧桿菌、乳桿菌這些厭氧菌創造適宜生長的環境，和其他益生菌協同發揮修復作用，同時它還能分泌多種消化酶，減輕腸道的消化負擔，減少食物殘渣異常發酵產生的有害物質對腸黏膜的刺激，臨床常用它改善抗生素使用后引發的腸黏膜損傷、菌群紊亂，搭配其他益生菌使用的修復效果更突出。