健康成年人腸道菌群的核心優勢類群參考比例為：厚壁菌門占50%~80%，擬桿菌門占20%~40%，其余所有門類的菌群加總占比不超過10%，該比例并沒有絕對固定值，會隨年齡、飲食、健康狀態出現較大波動。

　　1. 健康成人的參考比例框架清晰。除了厚壁菌門、擬桿菌門兩大優勢類群，剩余占比不足10%的菌群里，放線菌門（代表有益菌為雙歧桿菌）占1%~5%，變形菌門（包含多種條件致病菌）占比通常不到1%，剩下的梭桿菌門、藍細菌門等占比極低，大多不到0.1%，一般不會對整體比例結構造成明顯影響。

　　2. 不同年齡段、不同身體狀態的人群比例差異明顯。剛出生的嬰兒腸道菌群以變形菌門和放線菌門為主，母乳喂養的嬰兒體內雙歧桿菌占比能達到60%以上，斷奶添加輔食后，厚壁菌和擬桿菌的占比才會慢慢上升，逐漸趨近成人的比例結構；60歲以上的老年人群，厚壁菌占比會下降10%~20%，條件致病菌所屬的變形菌門占比會明顯升高；肥胖人群的厚壁菌與擬桿菌的比值，普遍比體重正常人群更高。

　　3. 日常行為會隨時改變腸道菌群比例。長期飲食結構是影響比例的核心因素，常年吃高油高糖動物性食物的人，厚壁菌占比會更高，長期以全谷物素食為主的人，擬桿菌占比更高；吃完廣譜抗生素后，原本的平衡比例會被完全打亂，有益的優勢菌數量大幅下降，條件致病菌可能趁機占據優勢；長期熬夜、壓力過大也會造成菌群比例失衡，讓有害菌占比異常升高。