大部分腸潰瘍經過規范治療愈合后不會遺留嚴重后遺癥，少數治療不及時、潰瘍反復發作的患者會出現不同類型的后遺癥。

　　1. 腸腔狹窄與腸梗阻：深度潰瘍愈合后會形成瘢痕組織，瘢痕收縮會牽拉腸壁導致腸腔縮窄，如果潰瘍面積大、多發或者頻繁復發，就容易留下這個后遺癥，平時常會有腹脹、腹痛、排便不暢的問題，嚴重時會引發完全性腸梗阻，往往需要手術干預。

　　2. 腸粘連：如果潰瘍侵犯到腸壁外層的漿膜層，潰瘍愈合的過程中容易和周圍的腸管、腹膜、腹腔臟器發生粘連，留下腸粘連的后遺癥，多數患者會間斷出現腹部隱痛，排氣排便不通暢，嚴重時也會誘發腸梗阻。

　　3. **變風險升高：長期反復發作、經久不愈的腸潰瘍，比如潰瘍性結腸炎引發的多發潰瘍、較大的腺瘤性潰瘍，慢性炎癥會持續刺激腸黏膜，大大增加腸黏膜發生**變的概率，最終誘發大腸**。