原位菌群失調三度可根據失調程度、臨床可逆性以及是否造成器質性病變明確區分，具體如下：

　　1. 一度失調：屬于輕度的一過性紊亂，僅為正常菌群內少數細菌的數量、比例發生暫時性改變，沒有引發明顯的臨床癥狀，也不會對生理功能造成實質性影響，只要去除誘發因素（比如停用干擾菌群的藥物），菌群就可以自行恢復正常，不需要額外特殊干預，臨床最常見的單次服用廣譜抗生素后出現的輕微排便不適，就屬于一度失調。

　　2. 二度失調：已經發展為持續性的菌群結構異常，菌群比例失衡后無法自行逆轉恢復，大多會伴隨慢性炎癥或功能異常類的臨床癥狀，比如慢性腹瀉、反復性的念珠菌性陰道炎都屬于二度失調，即使去除了誘因，也需要針對性調理菌群才能恢復，也常被叫做比例失調。

　　3. 三度失調：是最嚴重的失調類型，原定居的正常菌群大部分已經被抑制，原本占比極低的致病菌或條件致病菌變成優勢菌大量繁殖，已經會引發明確的器質性病變，也就是臨床常說的二重感染，這種情況基本無法自行恢復，需要抗感染聯合菌群調節才可以控制病情，比如長期大劑量用廣譜抗生素后，艱難梭菌過度增殖引發的偽膜性腸炎就屬于三度失調。