菌群失調和菌群紊亂本質上是同一病理狀態的不同叫法，不存在本質區別，都是指人體特定部位原本穩定平衡的正常菌群狀態被打破引發的微生態異常。

　　1. 兩者僅在描述習慣上有細微差別，很多時候會直接混用。通常菌群紊亂更偏向描述菌群狀態偏離正常平衡的結果，菌群失調更多用來指代已經引發功能異常的病理階段，臨床不會特意把二者劃分為完全不同的兩種問題，很多時候寫病歷都會換著用。

　　2. 引發二者的誘因完全一致，最常見的誘因是不規范長期使用廣譜抗生素，會不分好壞殺滅體內原有菌群，打破平衡。除此之外，長期高糖高油的不良飲食習慣、年齡增長導致的菌群活力下降、免疫功能異常、長期服用激素或免疫抑制劑、放化療治療等，都可能引發菌群狀態異常。

　　3. 不同部位的菌群失衡會引發不同癥狀，最常見的是腸道菌群失衡，會引發反復腹瀉、便秘、消化不良，長期得不到糾正還可能影響免疫力、血糖血脂代謝甚至情緒狀態；發生在陰道會引發細菌性陰道病等陰道炎癥，發生在口腔則可能引發口臭、牙周炎等問題。應對核心都是先去除誘因，比如停掉不必要的抗生素，再通過補充益生菌、多吃富含膳食纖維的全谷物蔬果幫助菌群重新恢復平衡。