腸道菌群失調大多可以通過去除誘發因素、調整飲食結構、針對性干預實現改善，多數患者能在1-2個月左右逐步恢復正常菌群狀態。

　　1 先去除誘發因素。長期吃抗生素、免疫抑制劑、糖皮質激素是誘發菌群失調的最常見原因，要先在醫生指導下停用不必要的這類藥物，必須用藥的話也可以調整方案降低對菌群的影響；如果是糖尿病、胃腸功能紊亂這類基礎疾病引發的菌群失調，要先規范控制基礎病，從源頭減少對腸道菌群的干擾。

　　2 調整日常飲食結構。日常要減少高糖、油炸高脂、精加工肉制品的攝入，這類食物會助長有害菌繁殖；多吃全谷物、新鮮蔬果這類富含膳食纖維的食物，給腸道有益菌提供養分；也可以每天適當吃點無額外添加糖的發酵食品，比如無糖酸奶、發酵泡菜、納豆等，額外補充天然有益菌，同時要戒煙酒，避免長期三餐不規律、暴飲暴食。

　　3 針對性醫學干預改善。癥狀比較明顯的患者，可以在醫生指導下補充外源性益生菌，比如雙歧桿菌三聯活菌、乳桿菌這類常用制劑，也可以搭配補充益生元幫助自身有益菌繁殖；如果伴隨嚴重腹瀉、腹痛、便秘，還要對癥用藥緩解不適；對于常規治療無效的難治性菌群失調，比如嚴重難辨梭狀芽孢桿菌感染，可以由醫生評估后進行糞菌移植治療。