長期便秘本身既可以是獨立的功能性消化系統疾病，也可能是消化系統器質性病變、全身性疾病或藥物因素引發的臨床表現。
1. 最常見的情況是功能性便秘，這本身就是一種獨立的功能性腸病，腸道沒有明確的結構或器質性異常，大多和長期不良生活習慣有關，比如日常飲食膳食纖維太少、喝水不足、長期久坐不動、習慣憋便、長期精神壓力大等，會導致結腸蠕動減慢或者排便時盆底肌肉協調功能紊亂，癥狀持續超過6個月就屬于長期的功能性便秘，是臨床上長期便秘最常見的類型。
2. 消化系統器質性病變引發的長期便秘，這種情況里便秘是原發病的典型癥狀，比如結直腸**、結腸狹窄、嚴重痔瘡肛裂、腸道憩室病、先天性巨結腸等，要么腸腔被病變占據堵塞，糞便通行受阻，要么排便時疼痛明顯，讓人下意識抑制便意，久而久之就形成長期便秘，中老年人突發長期便秘尤其要警惕這類器質性病變。
3. 全身性疾病或外界因素誘發的長期便秘，除了消化道本身的問題，很多其他系統的疾病也會引發長期便秘，比如甲狀腺功能減退、糖尿病神經病變、帕金森病、脊髓損傷、慢性腎功能不全等，這些疾病會影響腸道神經或肌肉的正常收縮，減慢腸蠕動；另外長期服用抗抑郁藥、部分降壓藥、阿片類止痛藥、鈣片等藥物，也可能影響腸道功能，引發藥源性的長期便秘。
