橫向轉移是指細菌間的基因轉移，即將一種細菌的基因傳遞給另一種細菌。在移位菌群失調中，橫向轉移通常指的是細菌感染受體細菌并通過質粒、噬菌體等途徑傳遞抗生素耐藥基因的過程。這種轉移機制使得抗生素耐藥基因在不同菌株之間傳播，導致抗生素失效及多重耐藥的出現。