人體腸道中的微生物主要分為有益菌、條件致病菌、致病菌三大類。

　　1. 有益菌：這是維持腸道健康的核心菌群，常見的有雙歧桿菌、乳酸菌、嗜熱鏈球菌等，正常狀態下腸道中占據數量優勢，不僅能分解人體無法自主消化的膳食纖維，生成對腸道黏膜有益的短鏈脂肪酸，還能調節腸道免疫力、擠壓有害菌的生存空間，市面上常見的益生菌產品，主要添加的就是這類對人體有益的微生物。

　　2. 條件致病菌：這類屬于腸道的正常“常住戶”，常見的有大腸桿菌、腸球菌、變形桿菌等，在腸道菌群穩定、人體免疫力正常的時候，它們不會作亂，還能參與部分腸道代謝活動，可一旦亂吃抗生素、長期作息紊亂、不當飲食打亂了腸道環境，它們就會趁機大量繁殖，引發腸道感染、炎癥等問題。

　　3. 致病菌：這類基本不屬于腸道的正常常駐菌群，大多通過被污染的食物、水進入腸道，常見的有沙門氏菌、致病性痢疾桿菌、肉毒桿菌等，健康腸道的有益菌屏障能阻擋少量致病菌作亂，但如果入侵的致病菌數量較多，就會直接引發急性腸道病癥，日常吃壞東西后出現的上吐下瀉，大多就是這類致病菌導致的。