人類所有人群累計發現的腸道細菌種類超過1000種，單一個體腸道內穩定定植的細菌種類通常在160~200種左右。

　　1. 這個數字不是固定不變的，每個人的腸道細菌種類差異非常大。遺傳背景、出生方式、日常飲食、生活環境、年齡甚至用藥史都會影響腸道細菌的組成，比如順產嬰兒會從母體產道獲得更多初始細菌，剖腹產嬰兒的初始腸道細菌種類就會少很多；長期吃高油低纖維飲食的人，腸道細菌多樣性也會比常吃全谷物、蔬果的人更低。

　　2. 目前統計的千余種細菌里，大部分對人體是無害甚至有益的。健康成年人腸道中，有益菌比如雙歧桿菌、乳桿菌占比更高，它們幫助人體分解膳食纖維、合成維生素，還能抑制有害菌繁殖；剩下的多是條件致病的中性菌，只有在菌群失衡的時候才會引發健康問題，真正的有害菌只占極少比例。

　　3. 目前我們對腸道細菌的認知還不完整。腸道中的多數細菌都是厭氧菌，很難在實驗室體外環境培養存活，早年依靠培養法只能發現不到三分之一的種類，近年依靠宏基因組測序技術才發現了大量新種類，未來隨著檢測技術發展，還會有更多未被發現的腸道細菌被記錄，總種類數還會繼續增加。