腸道不是無菌的，健康人體的腸道內一直存在數量龐大、種類豐富的微生物群落。

　　1. 正常生理狀態下，成年人腸道內的微生物總重量能達到1-2公斤，數量比人體自身的細胞總數還要多，包含細菌、真菌、古菌、病毒等多種類型，其中絕大多數是和人體共生的有益或中性微生物，只會在菌群紊亂時，才會有少數條件致病菌引發健康問題。

　　2. 哪怕是剛出生的嬰兒也不會長期保持腸道無菌，胎兒離開母體娩出的過程中，以及后續接觸母乳、外界環境時，短短幾個小時就會有微生物開始在腸道定植，一周左右就能形成初步的菌群結構，只有實驗室培育的特殊無菌實驗動物才能做到腸道完全無菌，自然狀態下的人類不可能出現腸道無菌的情況。

　　3. 腸道內的正常微生物群落在人體代謝、免疫調節中發揮著不可替代的作用，它們能分解人體無法直接消化的膳食纖維，合成B族維生素、維生素K等人體必需的營養物質，還能阻擋有害病原菌在腸道扎根，幫助訓練免疫系統維持正常功能，腸道菌群失衡反而才會引發消化不良、炎癥、代謝異常等多種健康問題。