腸道菌群可以分為三類：有益菌、中性菌和有害菌。有益菌包括乳酸桿菌、雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌等，它們能夠消化食物、產生營養物質、抗菌等，對人體有益。中性菌是指在腸道內生長繁殖但不產生明顯的影響的細菌，如普通大腸桿菌。有害菌包括沙門氏菌、大腸桿菌O157等，它們能夠引起腸道感染疾病。