曬好的魚干應當放在干燥、陰涼的地方，避免陽光直射和潮濕。如果是在夏季，建議在保存之前先在烘干箱中進行二次烘干，以去除殘留的水分，減少變質的機會。可以將魚干放在密封袋中，防止空氣流通，再放入冰箱或者其他陰涼處保存。若保存條件好，魚干可以保存幾個月，甚至半年以上。建議定期檢查，如發現變質或異味應及時丟棄。